輕整理，重搜索。輕整理，是指不對(duì)文獻(xiàn)分類(lèi)，或者只是對(duì)文獻(xiàn)簡(jiǎn)單分類(lèi)。重搜索，是指利用不同的搜索工具，快速定位到我需要的文獻(xiàn)。我認(rèn)為在現(xiàn)在搜索技術(shù)已經(jīng)很強(qiáng)大的情況下，如果利用筆記等手段整理，反而容易造成條條框框，在對(duì)于一篇文獻(xiàn)關(guān)注太長(zhǎng)的時(shí)間，不利于提高效率。在日常使用中， 除了在文獻(xiàn)PDF上直接標(biāo)注，我很少用其他的軟件去記錄我看過(guò)的文獻(xiàn)。因?yàn)槌宋墨I(xiàn)本身，其他還有什么載體能夠那么直接方便地記錄呢？所以整理文獻(xiàn)問(wèn)題就成了：如何快速找出那篇有我筆記的PDF文獻(xiàn)。以此為目的，我建立了一套以文獻(xiàn)PDF云同步為基礎(chǔ)，輔以大量搜索工具的文獻(xiàn)整理方案。

其實(shí)做過(guò)科研工作的人都會(huì)發(fā)現(xiàn)，其實(shí)真正需要把一篇文獻(xiàn)從頭到尾讀完的情況是很少的。在大多數(shù)情況下，我們需要的其實(shí)是大批量多輪次地閱讀文獻(xiàn)，因?yàn)樵谝粋€(gè)項(xiàng)目的不同階段，哪怕是同一篇文獻(xiàn)，所關(guān)注的點(diǎn)也是不一樣的。如果在項(xiàng)目初期，就對(duì)所有的文獻(xiàn)，都投入同樣的時(shí)間，閱讀同樣的深度，勢(shì)必會(huì)浪費(fèi)大量時(shí)間和做無(wú)用功。我曾經(jīng)也走過(guò)文獻(xiàn)整理的彎路，每閱讀一篇文獻(xiàn)，都會(huì)在Onenote上建立一個(gè)條目，按照文獻(xiàn)題目，創(chuàng)新點(diǎn)，實(shí)驗(yàn)過(guò)程，個(gè)人感想等分別填空。但是文獻(xiàn)讀的多了之后，這個(gè)方法我覺(jué)得效率不高，用的頻率也越來(lái)越少了。

我現(xiàn)在的主要方法是：以Mendeley建立電子文獻(xiàn)索引為主，并以云端同步PDF文獻(xiàn)為主要儲(chǔ)存手段，通過(guò)Everything，Google Scholar，桌面搜索軟件，Onenote筆記等多種搜索手段，快速找到自己所要的信息。

==================干貨開(kāi)始=====================
**重搜索部分**
在新項(xiàng)目（寫(xiě)一篇綜述，開(kāi)始一個(gè)新課題或者完成一份大作業(yè)）開(kāi)始之前，我會(huì)在Mendeley中根據(jù)不同項(xiàng)目，建立一個(gè)新文件夾。

一個(gè)項(xiàng)目剛開(kāi)始的時(shí)候，文件夾中沒(méi)有文獻(xiàn)，就需要先建立一份本地的文獻(xiàn)原始積累。我習(xí)慣在Web of Science上根據(jù)關(guān)鍵詞去找所需要的文獻(xiàn)。
比如我現(xiàn)在想看一下微流控單細(xì)胞測(cè)序（microfluidic single cell sequencing）最近的進(jìn)展時(shí)，就去WoS搜：

總共有214篇文獻(xiàn)。我會(huì)把214篇文獻(xiàn)的題目先全部瀏覽一遍，其中大概100篇需要下載看一下PDF。最后我會(huì)剩下大概50篇左右PDF，拖進(jìn)Mendeley，建立原始的文獻(xiàn)積累。Mendeley會(huì)自動(dòng)提取文獻(xiàn)信息，按照文獻(xiàn)的發(fā)表年份，期刊，和文章題目將文獻(xiàn)重命名，并將該文獻(xiàn)自動(dòng)整理到指定文件夾中，完成文獻(xiàn)的原始積累。

其他回答中提到了用Endnote。我用Mendeley而不是Endnote做文獻(xiàn)索引，主要是因?yàn)椋篗endeley是我用過(guò)所有的文獻(xiàn)整理軟件中，提取文章題目，發(fā)表年份和期刊等信息最準(zhǔn)確和方便的軟件?？吹揭黄幸馑嫉奈恼?，我只需要往Mendeley中一拖，它就會(huì)幫我自動(dòng)提取文獻(xiàn)信息建立條目，并將文件拷貝到指定文件夾中。其他的軟件，要么是提取文獻(xiàn)條目的準(zhǔn)確度不高，要么就是建立文獻(xiàn)條目非常麻煩，需要花大量的時(shí)間去建立條目，大大降低文獻(xiàn)閱讀效率。

我又將這個(gè)Mendeley的文件夾中所有文獻(xiàn)用dropbox同步。之后我要看文獻(xiàn)時(shí)，只從這個(gè)文件夾中打開(kāi)文獻(xiàn)。這樣做的好處就是，把所有的文獻(xiàn)和筆記信息全部集中化了，不會(huì)造成信息碎片。

做筆記我也只在PDF上做，這樣就不用另外開(kāi)一個(gè)軟件寫(xiě)筆記，并可以對(duì)自己感興趣的信息直接標(biāo)注，實(shí)現(xiàn)信息最大程度集中化。哪怕打印了紙版的文獻(xiàn)，我在看完后也會(huì)把紙版上的筆記全部在PDF上標(biāo)注，避免信息碎片化。

我看一篇文獻(xiàn)，除了一些世界上的頂尖超級(jí)大牛，一般記不住作者的名字，但是我一般會(huì)對(duì)文章發(fā)表年份和所在期刊有很深的印象。而且一般題目又提供了文章中最主要的信息。所以我設(shè)置Mendeley自動(dòng)根據(jù)文獻(xiàn)的三個(gè)強(qiáng)信息：發(fā)表年，發(fā)表期刊，和文章題目自動(dòng)重命名，并結(jié)合everything，在本地實(shí)現(xiàn)文獻(xiàn)的第一重搜索。
如果搜索目標(biāo)很明確，比如我現(xiàn)在想找一篇之前在Nature Drug Review上看過(guò)的關(guān)于drug combination的文章，由于關(guān)鍵詞很明確，用Everything直接就從本地找到了，耗時(shí)不超過(guò)3秒。

如果搜索目標(biāo)不那么明確，比如題主說(shuō)的，“總感覺(jué)有些文獻(xiàn)讀過(guò)就忘記了，想用的時(shí)候想不起來(lái)”；或者找找一些特定的問(wèn)題，不確定本地文獻(xiàn)有沒(méi)有。這個(gè)時(shí)候我一般會(huì)把所有能想到的關(guān)鍵詞輸入，上Google Scholar搜索。
這個(gè)時(shí)候，可能會(huì)找到一些文獻(xiàn)在本地是有的，那就可以根據(jù)文獻(xiàn)名，用Everything快速在本地找到對(duì)應(yīng)的文獻(xiàn)。

如果一些文獻(xiàn)本地沒(méi)有，那就直接下載PDF，閱讀后在Mendeley建立本地索引。

如果想要搜索特定一句話，或者在寫(xiě)文章的時(shí)候想對(duì)一些說(shuō)法進(jìn)行佐證，就可以用Mendeley的搜索工具，

或者還是上Google Scholar。。。

**輕整理部分**
之后隨著時(shí)間的流逝，一個(gè)文件夾下的文獻(xiàn)慢慢變多，這個(gè)時(shí)候就需要在Mendeley中建立子文件夾了（對(duì)于我來(lái)說(shuō)，每個(gè)項(xiàng)目中前前后后需要閱讀的文獻(xiàn)大概在300篇左右），也就是傳統(tǒng)意義上的整理。但是我不贊成把文獻(xiàn)歸類(lèi)做的過(guò)細(xì)。對(duì)一個(gè)項(xiàng)目下簡(jiǎn)單分類(lèi)，使每個(gè)子文件夾中的文獻(xiàn)大概不超過(guò)50篇，再通過(guò)發(fā)表年份，期刊名，作者名等信息，也可以很容易找到所需的文章了。
但是我現(xiàn)在不會(huì)等文獻(xiàn)很多了之后再去建立子文件夾，而是會(huì)在平時(shí)讀文獻(xiàn)的時(shí)候，根據(jù)一個(gè)項(xiàng)目下的不同問(wèn)題，建立一些小的分類(lèi)。在Mendeley中，同一篇文獻(xiàn)是可以歸屬不同的文件夾的，所以在歸文件夾的時(shí)候也不用那么糾結(jié)。

最后，我想說(shuō)的是，任何文獻(xiàn)整理軟件都不能代替人對(duì)文獻(xiàn)的閱讀，任何時(shí)候讀文獻(xiàn)中信息永遠(yuǎn)是第一位的。整理軟件只能夠幫助更加快速地找到所需的信息而已。